Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n° 9 au terme d’un combat titanesque, un étrange phénomène se produit…
Dans un ultime effort, l’ennemi parvient finalement à atteindre son objectif en absorbant les pouvoirs du n° 2, puis tente de prendre la fuite.
Mais c’est sans compter Kafka, Kikoru et Narumi qui ont accouru sur les lieux pour l’arrêter !